I 2016 blev Agernæs Øko stiftet, og processen omkring omlægning af jorden gik i gang. I 2018 startede den spæde produktion med lidt salat, løg og ærter. Fra 2019 satsede man fuldt ud, og en større produktion gik i gang med det formål at kunne levere til de store danske supermarkedskæder i Danmark. I dag er mere end 400 hektar omlagt til økologi.
De forskellige afgrøder dyrkes med hver deres dyrkningsmetode. En del afgrøder fås som småplanter, som plantes ud med plantemaskiner. Det gælder for eksempel kålen, salaten og en del af løgene. Andre afgrøder som for eksempel hokkaido og ærter bliver sået ud.
Kålen og salaten fylder mest både areal- og arbejdsmæssigt, og der stræbes efter at have nogle afgrøder, som dækker lige store arealer, så man kan holde det gode sædskifte vedlige. Det er ligeledes uhyre vigtigt, at man ved dyrkning af grøntsager kan vande, og det er muligt på de økologiske arealer.
Den økologiske dyrkningsform giver undervejs i processen nogle udfordringer. For eksempel må ærtefrøene ikke bejdses, hvorfor en del af ærterne kan nå at rådne i jorden. Bekæmpelse af ukrudt er begrænset i forhold til konventionel produktion, hvilket kan medføre megen lugning.
Agernæs Øko er stiftet af Ole Lawaetz Olesen og brødrene Jacob B. Jacobsen og Claus B. Jacobsen, der ejer Torup Bakkegaard & Orelund, der kombinerer konventionel dyrkning af grøntsager og planteavl. Samarbejdet mellem de to virksomheder giver en masse synergi, fordi man bl.a. kan tilbyde kunderne både konventionelle og økologiske produkter. Produkterne fra de to virksomheder bliver pakket på Torup Bakkegaard. Dette giver en betydelig logistikmæssig fordel, at de færdigpakkede paller kan køres ud fra den samme adresse. Også personalemæssigt er der en synergi.
Udover produktionen af økologiske grøntsager, producerer Agernæs Øko 6.000 slagtesvin om året. Herved leveres en stor del af gødningen til den økologiske grøntsagsproduktion direkte fra egne grise.
Agernæs Øko sælger alle sine grøntsagsprodukter gennem salgsselskabet Ø-Grønt. Man vil ligeledes kunne finde en lang række af grøntsagsprodukterne i gårdbutikken.